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La serie narra las aventuras de un adolescente llamado Ichigo Kurosaki, un estudiante de quince años que tiene la facultad de interactuar con los espíritus. Una noche, Ichigo se encuentra con una shinigami (shinigami:«dios de la muerte», aunque conocidos como «segadores de almas» en el doblaje al español) llamada Rukia Kuchiki.Ella se sorprende por su habilidad para poder verla, pero su conversación es interrumpida por la aparición de un hollow («hueco»), un espíritu maligno. Después de que Rukia fuera gravemente herida al tratar de proteger a Ichigo, ésta intenta traspasarle la mitad de sus poderes a Ichigo para poder enfrentarse al hollow en igualdad de condiciones. Sin embargo, Ichigo sin darse cuenta los absorbe casi por completo, y logra vencer con facilidad al espíritu. Al día siguiente, Rukia aparece en la clase de Ichigo como una humana de apariencia normal, y le informa que debido a que ha absorbido todos sus poderes no puede regresar a su mundo hasta que los recupere.Entretanto, Ichigo acoge a Rukia en su casa y toma su trabajo de shinigami, defendiendo a los seres humanos de los hollows y orientando a las almas buenas después de la muerte a un lugar llamado la Sociedad de almas.

Unos meses más tarde, en el sexto volumen de la serie, los superiores de la Sociedad de almas se dan cuenta de que Rukia le había entregado sus poderes a un humano, lo cual está prohibido en la Sociedad de almas, por lo que envían un destacamento para arrestarla y aplicarle la pena de muerte. Ichigo no logró evitar la captura de Rukia, pero con la ayuda de varios de sus amigos de clases que también poseen capacidades espirituales, y el ex-capitán shinigami Kisuke Urahara, que los había ayudado a llegar allí con facilidad bajo la guía de Yoruichi, parten hacia la base de la Sociedad de Almas. Una vez allí, Ichigo y el resto luchan contra la élite militar de shinigamis y finalmente consiguen detener la ejecución de Rukia.

En ese entonces, se revela que la ejecución de Rukia y del intento de rescate de Ichigo fueron manipulados por Sōsuke Aizen, un shinigami de alto nivel, el cual se creía que había sido asesinado, como parte de su plan para poder tomar el control de la Sociedad de almas. Aizen traiciona a sus compañeros y aliados shinigami marchándose a Hueco Mundo con los hollow, convirtiéndose en el principal antagonista de la serie. Ichigo se alía con los que eran sus enemigos en la Sociedad de almas al ver que todo esto fue planeado por Aizen y éstos dejan en libertad a Rukia. Tiempo después aparecen nuevos enemigos, los arrancar una especie de evolución de los hollows, los cuales han sido enviados al mundo real por Aizen, que pretende destruir la ciudad de Karakura con el fin de forjar una llave con la energía espiritual que se encuentra allí para poder acceder al Rey de la Sociedad de almas y tener el control en todos los mundos. Actualmente esta trama aún no se ha resuelto y de acuerdo con el autor, el final de la serie todavía no ha sido planeado o escrito.